| ○ストーリー |
序 章
「旅立ちのバラード」 | 雪降る中，機械伯爵の人間狩りの犠牲となってしまった星野加奈子。鉄郎は母親の仇を討つべく伯爵の館へと向かったのだった!! |
第一章
「赤い砂塵の町」 | 999号は海野広の宇宙艇と衝突，故障してしまう。海野広と鉄郎は修理用の部品を手に入れようとするがお金が足りない。そこでガンコンテストに出場するのだった!! |
第ニ章
「眠れる戦士」 | タイタンに到着した999号。メーテルと鉄郎は999号を降りるが，メーテルが機械化人にさらわれてしまう。車掌さんのはからいで，発車を1日遅らせ，鉄郎はぶどう谷へ。そしてアンタレスと出会うのだった!! |
第三章
「ガラスのクレア」 | タイタンを発車した999号。鉄郎はメーテルと食堂車に向かい，そこでクレアと出会う。そのころ未確認飛行物体が現れ，999号は停電。そして機械伯爵が現れるのだった!! |
第四章
「迷いの星」 | 冥王星に到着した999号。メーテルは用事があると言って出て行くのだが，鉄郎はその後を追うのだった。ラーメンを食ってる場合じゃないぞ!! |
第五章
「時を越えた友」 | 舞台は海の上のまほろば。羽黒妖と大山歳郎は姿を消した真田博士を探していた。だが，歳郎が真田博士の残したユニットのボタンを押すと，まほろばの外が宇宙になっていたのだった!! |
第六章
「大四畳半の思い出」 | 明日の星に到着した鉄郎たち。だが，この星でパスなどを盗まれてしまった。どうしようもない鉄郎とメーテルは下宿館で生活をすることになるのだった!! |
第七章
「銀河の交差点」 | 999号は惑星トレーダーへ到着した。鉄郎は，エメラルダスが機械伯爵の居場所を知っていることを知る。最近海賊に襲われるというマゼラン遊覧列車666号に乗った鉄郎は…。果たして鉄郎はエメラルダスに会えるのか? イスカンダルを見れるのか!? |
第八章
「誇り高き詩人」 | 惑星「枯れ木の山」でプライダーと出会った鉄郎とメーテル。彼は多くの人に自分の歌を聞いてもらうべく，この星を出るのだった。しかし，999号にワルキューレの騎士「イスメラルダ」がやってきた。イスメラルダの目的は鉄郎の命。鉄郎の未来の悪行を未然に防ぐためだった!! |
第九章
「時間城の海賊」 | 惑星ヘヴィメルダーではキャプテン・ハーロックが恐怖支配を行っていた。メーテルはハーロックのいる時間城へ向かった。鉄郎もまた，メーテルが命をかけいることを察知し，追いかけるのだった。
崩壊した時間城を後にした鉄郎たちは，助けたミライと共にラーメタルへと向う。だがその時，ラーメタルはマゾーン軍との戦争に突入してしまった!! |
第十章
「影の復讐者」 | 999号のワープ中，もう1つの999号が現れた。そして999号どうしが衝突してしまい，ファントムへ墜落してしまった。
空間軌道へ戻った999号は絶対機械圏へ入り，機械砦へ停車する。停車時間は15分。鉄郎は機械化人のワナにはまってしまい，発射時間に戻ることができなくなってしまった。非情にも999号は発射してしまうのだった!! |
終 章
「大アンドロメダ」 | 鉄郎はどの機械の体がいいのか選択を迫られていた。選ばなければメノウが決めてしまう。しかし鉄郎は機械の体を選ばなかった。999号は終着駅惑星大アンドロメダへ到着。鉄郎に与えられる体がネジに決まってしまった。鉄郎は機械の体になってしまうのか!? 鉄郎たちと機械帝国との最後の戦いがはじまろうとしていた!! |
再 演
「不死身の女」 | トチローのコスモドラグーンがネオガミラスに盗まれてしまった。その事を知ったエメラルダスは |
再 演
「魂の旅人」 | トチローは自分のコスモドラグーンを機械伯爵が狙っていることを知り，地球へ向かった。そこで1人の少年を救う。その後，シェイド卿がコスモドラグーンを狙って真田博士を殺害。ハーロックに他の博士をかくまうよう頼み，自らは親友を騙る者を制裁すべくヘビーメルダーへと向かったのだった!! |
再 演
「我が夢は星の彼方」 | ハーロックはトチローから依頼果たすべく，足立博士と雨森教授を探していた。2人をかくまったハーロックの元に銀河鉄道999からSOSの通信が入った。そしてハーロックはラーメタルに加勢することにしたのだった!! |
閉 幕
「わが青春の銀河鉄道」 | 機械帝国は滅んだ。鉄郎の旅も終わった。……はずだった。メーテルはなぜ999を降りたのか…機械帝国はなぜコスモドラグーンを狙っていたのか……。それら全ての答えが再び鉄郎を大宇宙に駆り立てたのだった。鉄郎は999に乗る，いまこそ本当の終止符を打つために!! |